La república se vio invadida a partir del año 1862.
El envio por Napoleón III de 30,000 hombres debilito la resistencia organizada y determino la ocultación militar en crecientes zonas del país. En la sierra de Puebla los Republicanos Miguel Negrete, Juan N. Méndez ,San Cristomo Bonilla, Juan Francisco Lucas y José María Maldonado se mantuvieron luchando contra las tropas de invasión.
En 1866 se iniciaron la negociaciones para armistrido . Al año siguiente el Gral. Porfirio Díaz inicio su campaña en el sur.
El 16 de febrero comenzaron a salir de Puebla tropas Francesas y el 8 de marzo Díaz envio hasta la ciudad de Puebla y ocupó la plaza el 2 de abril de 1867. Pocos días después, culmino el sitio a la plaza de Querétaro y Maximiliano se rindió.
Consejo de Guerra reunido condeno a Maximiliano y a los traidores de Miguel Miramón y Tomas Mejía ejecutándolos el 19 de junio de 1867.